教堂的另外一个重点是彩色玻璃,在教堂内的彩色玻璃都非常特别,用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事,如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引,在教堂内部总共有56个玻璃窗,31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案,但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的,其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修,而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。
墙内开花墙外香。除了供应教堂的彩绘玻璃,土山湾孤儿院也接受社会机构和个人的订单。正因如此,目前上海保留下来的有迹可循的土山湾彩绘玻璃都位于公共或是私人建筑上。按照时间先后,分别位于:原法国总会(南昌路47号)和原私人住宅(余庆路190号和瑞金宾馆总统楼)。
彩色玻璃被全球工匠使用了数千年,是最古老的艺术形式之一。它的起源可以追溯到7世纪,当时彩色窗户开始装饰教堂、大教堂和修道院——通常代表宗教符号和圣经故事。这些在8世纪期间扩展到伊斯兰清真寺和宫殿世纪,到了中世纪,在欧洲无数的教堂中都可以找到。复杂的玻璃制品在哥特时期的纪念性建筑中达到了最大的辉煌,形成了巨大而精致的窗户,具有极其复杂的图形、图案和几何形状。然而,专门为着名的礼拜场所或古代建筑保留的日子已经一去不复返了。与创新的生产方法和新技术相结合,彩色玻璃在当代建筑中卷土重来,以其大胆、活泼的色调为无数建筑增光添彩。
彩色玻璃窗的使用在12世纪中叶得到了普及,圣丹尼斯的修道院院长苏格被称为“彩色玻璃之父”,因为是他首次概念化地使用彩色玻璃窗来创造一种“天堂之光”,被视为上帝在教堂中的存在
哥特式的教堂彩绘玻璃,是伴随着哥特式建筑的兴起和基督思想的兴盛产生的。而丹纳在艺术哲学里充满激情的会写道,彩色玻璃中投入的光线变成血红的颜色,变成紫英石与黄玉的色彩,成为一团珠光宝气的神秘火焰,就像通往天国的窗户。这就完美的覆盖且简单的说明了彩绘玻璃的美了。